Perpustakaan MTs Tonjongsari ditata secara terbuka di luar ruangan. Lokasi antara Aula serbaguna dengan ruang guru untuk memudahkan peserta didik ataupun guru dalam mengakses kebutuhan pembelajaran. Perpustakaan terbuka ini dapat digunakan oleh peserta didik kapan saja bahkan saat hari-hari libur. Buku yang terpampang terdiri atas sebagian besar buku ajar nonfiksi, dan ada beberapa fiksi serta karya ilmiah peserta didik.